სამეცნიერო კვლევითი დეპარტამენტის მიზანია სამეცნიერო კვლევითი საქმიანობების განხორციელება მენეჯმენტის, მაკრო და მიკრო ეკონომიკის, მარკეტინგის, ფინანსების, სამართალმცოდნეობის, ჰუმანიტარული და სოციალური მეცნიერებების, საინფორმაციო ტექნოლოგიების, ჟურნალისტიკისა და ტურიზმის აქტუალური საკითხების შესასწავლად. ასევე, სკოლებთან ერთად ყოველწლიური შიდა სასკოლო, საუნივერსიტეტო და საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციების ორგანიზება, შემოქმედებითი პოტენციალის მქონე ახალგაზრდების წარმოჩენა და წახალისება. კავკასიის უნივერსიტეტი ახორციელებს სამეცნიერო მუშაობას მიღებული გეგმის და საერთაშორისო ორგანიზაციებთან დადებული ხელშეკრულებების შესაბამისად.

კავკასიის უნივერსიტეტში წარმოებულ სამეცნიერო კვლევებში მონაწილეობენ, როგორც უნივერსიტეტის პროფესორ-მასწავლებლები, ასევე მოწვეული სპეციალისტები, კვლევებში ჩართულნი არიან უნივერსიტეტის სკოლების დოქტორანტურის, მაგისტრატურისა და ბაკალავრიატის სტუდენტები.

ბოლო პერიოდში განხორციელდა ოცამდე საერთაშორისო სამეცნიერო პროექტი TACIS, DFID, WB UNDP, INTAS, ევროკავშირის (FP-7), ევრაზიის თანამშრომლობისა, "ღია საზოგადოება-საქართველოს" თანამშრომლობისა და ფ. ებერტის ფონდის, აგრეთვე ლატვიისა და საბერძნეთის საგარეო საქმეთა სამინისტროების დაფინანსებით. ჩატარდა ორი საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენცია ამერიკის უნივერსიტეტისა და TRACCC–ის მხარდაჭერით, აგრეთვე ექვსი სტუდენტური საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენცია "The Perspectives of the Integration of South Caucasus Region to European Area in the XXI Century" ფ. ებერტის ფონდისა და თბილისის მერიის ხელშეწყობით.

უნივერსიტეტში რეგულარულად გამოიცემა როგორც პროფესორ-მასწავლებელთა, ასევე სტუდენტთა სამეცნიერო ნაშრომების კრებულები.

იზრდება საბიბლიოთეკო ფონდი. 2004 წლის იანვრიდან კავკასიის უნივერსიტეტი უზრუნველყოფს სტუდენტებს, ლექტორებსა და მკვლევარებს ელექტრონული ბიბლიოთეკით. EBSCOhost - მოიცავს მსოფლიოში ცნობილ 10 მონაცემთა ბაზას, სთავაზობს 7200-ზე მეტ პუბლიკაციასა და 5000 სამეცნიერო ჟურნალებს, რეგიონალურ ახალ ამბებს და ა.შ.